법이 정한 보존기간이 지난 뒤에 폐기했다면 그 자체로 의료법 위반은 아닙니다. 다만 보존기간은 기록 종류마다 다르고 건강보험 청구 서류에는 따로 5년 보존 의무가 있어, 기간을 잘못 계산해 일찍 폐기하면 벌금·과태료나 자격정지 대상이 될 수 있습니다. 또 수사나 조사 통지를 받은 뒤의 폐기는 기간이 지났더라도 의심을 받을 수 있습니다.
의료인과 의료기관 개설자는 진료기록부등(전자의무기록과, 추가기재·수정한 경우 수정 전 원본까지 포함)을 보건복지부령에 따라 보존해야 합니다(의료법 제22조 제2항). 보존기간은 환자 명부 5년, 진료기록부 10년, 처방전 2년, 수술기록 10년, 검사내용·검사소견기록 5년, 방사선 사진(영상물 포함)과 소견서 5년, 간호기록부 5년, 진단서 등의 부본 3년입니다(의료법 시행규칙 제15조 제1항). 계속 진료에 필요하면 1회에 한해 같은 기간 범위에서 연장할 수 있습니다(같은 항 단서). 기간 안에 보존하지 않으면 500만원 이하의 벌금(의료법 제90조)이고, 행정처분 기준상 자격정지 1개월입니다(의료관계 행정처분 규칙 별표 2. 가. 15)).
건강보험 쪽 의무는 따로 따져야 합니다. 요양기관은 요양급여가 끝난 날부터 5년간 요양급여비용 청구에 관한 서류를 보존해야 하고(국민건강보험법 제96조의4 제1항), 어기면 100만원 이하의 과태료입니다(제119조 제4항 제4호). 의료법상 기간이 짧은 서류라도 청구의 근거가 되는 서류라면 이 기준을 함께 보아야 합니다. 반대로 기간이 지난 기록을 이유 없이 계속 쌓아 두는 것도 안전하지 않습니다. 보유기간이 지난 개인정보는 다른 법령에 보존 의무가 없으면 지체 없이, 복구할 수 없는 방법으로 파기해야 하기 때문입니다(개인정보 보호법 제21조 제1항·제2항).
실제 수사나 현지조사에서는 기록이 없다는 사실보다 언제, 왜 폐기했는지가 쟁점이 됩니다. 폐기 일자·대상·방법을 적은 폐기 대장이 있으면 기간이 지난 정기 폐기라는 설명이 쉬워집니다. 반면 조사 통지 뒤에 폐기하면 진술 전체의 신빙성이 흔들릴 수 있고, 직원이나 다른 의사가 관련된 사건의 기록이라면 증거인멸죄(타인의 형사사건 증거, 형법 제155조 제1항, 5년 이하의 징역 또는 700만원 이하의 벌금)도 문제 될 수 있습니다. 폐업할 때에도 보존 의무는 끝나지 않습니다. 진료기록부등을 관할 보건소장에게 넘기거나 보관계획서를 내고 허가를 받아 직접 보관해야 하며(의료법 제40조의2 제1항), 넘기지 않으면 100만원 이하의 과태료입니다(제92조 제3항 제3호의2).
이미 폐기한 기록이 조사 대상 기간에 걸려 있다면, 폐기 경위를 정리한 뒤 진술하는 것이 좋습니다.
근거의료법 제22조 제2항, 제23조 제4항, 제40조의2 제1항, 제90조, 제92조 제3항 제3호의2, 의료법 시행규칙 제15조 제1항, 의료관계 행정처분 규칙 별표 2. 가. 15), 국민건강보험법 제96조의4 제1항, 제119조 제4항 제4호, 개인정보 보호법 제21조 제1항·제2항, 형법 제155조 제1항 (확인 2026.11.5.)
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